Prototype toi pelaajille infektoituneen New Yorkin -kaupungin leikkipaikaksi, ja pelattavana oli tuolloin prototyyppinä ja koodinimellä Zeus tunnettu Alex Mercer. Pelaaja pystyi sulauttamaan muita hahmoja yhteen Mercerin kanssa, mikä sai Alexin omaksumaan muiden hahmojen ulkomuodon ja muistot. Jatko-osa sijoittuu hiukan yli vuoden päähän ensimmäisen pelin tapahtumista ja seuraa uuden päähahmon James Hellerin tarinaa. Kersantti Hellerin ensimmäinen tehtävä New York Zerossa menee heti alusta asti päin honkia, ja Mercer tartuttaa oman viruksensa Helleriin.
Tarttuiko ”Mercer Virus” DSlayhin? Lue arvostelu.