Ninja Gaiden 3:een tulee moninpeli ja se on entistä verisempi verrattuna pelisarjan aikaisempiin osiin. Peli keskittyy syvällisemmin Ryu Hyabusaan, eikä uusia pelattavia hahmoja ole tiedossa.
Team Ninjan johtajan, Yosuke Hayashin, mukaan Ninja Gaiden 3:ssa yritetään luoda realistinen kuva, miltä ihmisen tappaminen oikeasti tuntuu ja saada pelaajat ymmärtämään, ettei väkivalta ole pelkästään verta. Hänen mukaansa peli ei tule olemaan helpommin läpäistävissä, mutta siitä on yritetty tehdä sellainen, josta kaikki voivat nauttia, kun taas hardcore-pelaajat saavat puolestaan toivomaansa haastetta.